通勤手当（通常の給与に加算して支給されるものに限ります。）や通勤用定期乗車券（これらに類する手当や乗車券を含みます。）は、１か月当たり「合理的な運賃等の額」までは課税されないことになっています（所法９①五、所令20の２）。
「合理的な運賃等の額」とは、通勤のための運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃又は料金の額をいいます。
この「合理的な運賃等の額」には、新幹線鉄道を利用した場合の特別急行料金は含まれますが、グリーン料金は含まれません（所基通９－６の３）。
その最高限度は150,000円です。東京から静岡あたりまでの新幹線料金を目安として設定したと言われています。
この「運賃等の額」には、消費税及び地方消費税相当額が含まれます。
非課税枠を超える通勤費は、給与に該当します。
給与は消費税では、不課税とされています。
しかしながら、通勤費は仕事上の必要性に基づくもので、実費弁償と考えられます。
事業者が定期券を購入して、使用者に交付するのと同じであることから、通勤費も消費税法上の課税取引とされています。
（参照：消費税法基本通達11-2-2）