インボイス制度と税務調査の重点ポイント

1. インボイス制度の概要

2023年10月にスタートしたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、消費税の仕入税額控除を受けるために「適格請求書（インボイス）」の保存が必要となる制度です。

この制度によって、免税事業者との取引処理や経過措置への対応、請求書の管理体制の強化など、実務面で大きな変化が生じています。

2. 税務調査の基本スタンス

国税当局は従来と同様に、不正計算や過少申告の可能性がある納税者を重点的に調査します。インボイスの記載不備のみを目的とした調査は行っていません。ただし、調査に入った場合には、帳簿とインボイスの突き合わせにより、取引の実態確認が行われます。

3. 調査事例

• 事例1：免税事業者からの仕入処理

  経過措置の控除割合を誤計算 → 修正申告に。

• 事例2：インボイスと実態の不一致

  請求書と納品書の数量が不一致 → 過大な仕入控除を指摘。

• 事例3：架空取引の疑い

  実際には仕入れていない商品でインボイスを受領 → 架空計上が発覚し重加算税。

  
  

4. 税務署が重点的に調査、確認する観点

確認項目	チェックのポイント	留意点
インボイスと帳簿の整合性	登録番号や消費税額が帳簿と一致しているか	単なる保存ではなく、帳簿と照合
経過措置の適用状況	免税事業者からの仕入控除率の誤りがないか	特に間違いが多い
取引の実態確認	インボイス記載内容と納品実態が合致するか	架空・水増し取引を見抜くためのチェック
電子保存の適正性	電子帳簿保存法に基づいた保管か	スキャナ保存・データ保存の要件
不自然な仕入・経費計上	事業規模と比較して仕入が過大でないか	不正計上の有無を確認

5. 実務上の留意点

• インボイスは「形式要件」より「実態確認の証拠」として重視される

• 経過措置・免税事業者取引は誤りが起こりやすいため注意

• 電子保存を活用し、帳簿との突き合わせを効率化

  
  

6. まとめ

インボイス制度の導入後も、調査の基本は「不正や過少申告の可能性がある納税者を重点調査」することに変わりはありません。

インボイスの細かな不備が直接の調査対象となるわけではなく、取引実態と帳簿・インボイスの整合性が重視されます。

日常の処理を整えておけば、税務調査に対しても安心して対応できるでしょう。

7. 専門家へのご相談をおすすめします

インボイス制度は新しい制度であり、経過措置や電子保存など細かなルールも多くあります。少しでも不安を感じた場合や、調査対応に備えたい場合は、税理士など専門家に早めにご相談されることをおすすめします。